بهطور معمول، در جنگ بین کشورها، برخی از معارضین داخلی یا مرزنشینان به کشور مقابل پناهنده میشوند. در موضوع پناهندگی، باید میان پناهندگان به کشور عراق و پناهندگان به سازمان مجاهدین خلق (منافقین) تمایز قائل شد.
پناهندگی به کشور عراق
با توجه به غائلة کردستان و تشکیل گروهکهای کومله و دموکرات در غرب ایران و غائلة خلق عرب در جنوب ایران قبل از آغاز جنگ تحمیلی، اشتیاق و امکان پناهنده شدن به کشور عراق در میان بعضی از مخالفان نظام جمهوری اسلامی افزایش یافته بود. همچنین برخی از مرزنشینان، با توجه به علائق و مناسبات تجاری با مردم عراق با شروع جنگ تحمیلی به این کشور پناهنده شدند.
براساس فهرست دریافتی از مسئولان عراقی در 1369، حدود 460 تا 470 نفر به کشور عراق پناهنده شده بودند.
در اوایل جنگ، دولت عراق با تشکیل اردوگاههای مخصوص در بعقوبه و رمادی و... از پناهندگان ایرانی، که اکثراً بهصورت خانوادگی بودند، با حداقل معیشت نگهداری و حمایت میکرد.
ارتش عراق از برخی از این افراد در انجام عملیات کمین، بمبگذاری، گرفتن اسیر، مترجمی در شنود بیسیمها، ... در جنگ تحمیلی استفاده میکرد.
پناهندگی به سازمان منافقین
سازمان منافقین، پس از شکست در عملیات «فروغ جاویدان» در 3 مرداد 1367 که منجر به تلفات زیاد و کمبود شدید نیروی انسانیشان شد، و البته پیشنهاد عراقیها، با بیان وعدههای پوچی همچون پناهندگی در آمریکا یا اروپا تصمیم به جذب نیرو از میان اسرای ایرانی گرفت. از مردادماه 1368 با حضور مهدی ابریشمچی در اردوگاههای موصل و رمادی و تکریت به منظور تشویق و ترغیب اسرا به پناهندگی، در کمتر از یک ماه حدود 750 تن از اسرای ایرانی به این سازمان پیوستند. ذکر این نکته ضروری است که تعدادی از این پناهندگان نیز ازجمله رزمندگانی هستند که سازمان منافقین در جریان چهار عملیات کلاسیک خود (آفتاب، چلچراغ، فروغ جاویدان، و مروارید) اسیر میکند. شرایط سخت اردوگاه از نظر معیشتی، بهداشتی، درمان، محیط زیست ازجمله انگیزههای اصلی اسرای پیوسته به سازمان قلمداد میشود. سازمان برای جذب بیشتر اسرا، در همان سه روز اول در اردوگاه، امکانات خوبی از نظر تغذیه، پوشاک و سیگار در اختیار افراد تازهپیوسته قرار میدهد. از شهریور تا اسفند 1369 که آزادسازی اسرا صورت میگیرد، حدود 600 نفر از این پناهندگان ابراز پشیمانی کرده و بازمیگردند.
پس از ورود سازمان منافقین به کشور عراق، برای مدت بسیار کوتاهی در اردوگاه التاش مستقر میشوند؛ پس از خروج سازمان از این اردوگاه، غیرنظامیهای ایرانی در این اردوگاه اسکان مییابند. رزمندگانی که در عملیاتهای کلاسیک منافقین اسیر میشوند، مدتی در اردوگاه دِبس در خالص قرار میگیرند. اما اسرای پناهنده را عمدتاً به اردوگاه اشرف میبرند که منطقة وسیعی بین خانقین و مقدادیه است. پس از سقوط صدام، از میانه سال 1391 و با تعطیلی اردوگاه اشرف، این افراد به اردوگاه لیبرتی منتقل میشوند و درنهایت، از سال 1395 کل افراد به کشور آلبانی میروند.
صلیب سرخ جهانی بدون حضور هیچ شاهدی با تمام افراد پناهنده ملاقات داشته و آمار آنها را در فهرست خود ثبت کرده است، اما براساس مقررات داخلی خود، بهسبب آنکه امکان اذیت و آزار خانوادة پناهندگان وجود دارد، فهرست این افراد را به هیچکدام از کشورهای طرف مخاصمه نمیدهد.