سید سالم‌بن ثوینی (1285-1283ق./ 1868-1866م.)، پس از قتل پدرش، با حمایت اباضی‌مسلکان عمان قدرت را در دست گرفت (Kelly, 1968: 651). در ابتدای کار به‌عللی مانند ارتباط «عَزان‌بن قِیس»، یکی از مهم‌ترین حامیان مذهبی‌اش، با نمایندة وهابیان در عمان (Ibid: 656)؛ به‌کارگیری تعدادی از وهابیون در دستگاه حکومت؛ و انتخاب یکی از اباضیان مشهور به‌سمت مشاور خود متهم به داشتن گرایشات وهابی شد (سدیدالسلطنه،1370: 399). وی در حوزه داخلی با درایت وزیر ایرانی‌اش، حاج احمدخان سدیدالسلطنه، توانست اکثر اعضای قبایل «هَناوی» طرفدار آل بوسعید را به پذیرش حکومتش وادارد (فرامرزی، 1383: 198-196). باوجوداین، دو جریان داخلی به‌ویژه از میان افراد خاندان سلطنتی به منازعه با سالم برخاستند که عبارت بودند از: 1. دو تن از عموهای وی به نام‌های ترکی‌ و ماجد؛ 2. صالح‌بن علی و سید حَمَدبن سالم. در مورد نخست، سلطان توانست با به رسمیت شناخته شدن حکومتش به‌وسیلة انگلستان از دعاوی هر دو نفر رهایی یابد. ترکی، که با تقویت مالی و نظامی خود (رنس، 2000: 36؛ Kelly, Ibid: 657) پیشروی به‌سوی پایتخت را با حمایت برخی قبایل داخلی در تابستان 1284ق./ 1867م.، آغاز کرده بود، به‌ناچار پذیرفت با دریافت مقرری سالیانه تحت حمایت انگلیسی‌ها در بمبئی اقامت کند (موسوعه عمان، 2007: 37-36؛ Kelly, Ibid: 657-8; Badger, 1871: cx, Cviii؛ سدیدالسلطنه، همان: 399). ماجد، حاکم زنگبار، نیز ناگزیر شد از بهار 1285ق./ 1868م. پرداخت کمک مالی سالیانه‌ای را از سر گیرد که برمبنای توافقات معاهده «کانینگ»- معاهده جداکنندة اراضی افریقایی و آسیایی عمان- باید به مسقط پرداخت می‌شد (موسوعه عمان، همان: 543-542؛ Kelly, Ibid: 659).

     اما مورد دوم، یعنی شورش صالح‌بن علی و سید حَمَدبن سالم را می‌توان مهم‌ترین قیام داخلی علیه سید سالم دانست که مقدمات سقوط وی را فراهم آورد (Badger, Ibid: cx). این دو عزان‌بن قیس، والی منطقه رُستاق عمان- واقع در 160 کیلومتری مسقط- و سعیدبن خلفان، استاد مذهبی اباضیان، را نیز با خود همراه کردند و پیش از آنکه سالم بتواند اقدامی مناسب علیه آنها انجام دهد، حکم به اخراج وی از مسقط دادند و با عزان‌بن قیس بیعت کردند (السالِمی، 1420ق.: 259؛ رِنس، همان: 38).

     در دورة کوتاه حکومت سید سالم دو موضوع ارتباط با انگلستان و نحوه برخورد با ایران در باب اجاره‌داری گمرکات بندر عباسی، مکران، گوادر و توابع آن‌ قابل توجه است. عدم همراهی وی با انگلستان در ابتدای کار چنان بود که اتباع تاجرپیشۀ هندی تبعه بریتانیا را ناگزیر به خروج از مسقط کرد (Kelly, Ibid: 651-6). اما پس از آگاهی از میزان نفوذ انگلیسی‌ها در ساختار سیاسی عمان درصدد برآمد تأیید آنان را به‌دست آورد. ازسوی‌دیگر، برخوردِ اولیه انگلستان با سالم، دور کردن اتباع خود از مسقط بود (فرامرزی، همان: 191)؛ اما سرانجام کلنل پلی/ Pelly، نماینده سیاسی بریتانیا در خلیج فارس، به نمایندگی از لورنس/ Sir John Lawrence، نایب‌السلطنه حکومت هند- انگلیس، از ترس تمایل سالم به سایر قدرت‌های اروپایی حاضر در خلیج فارس (موسوعه عمان، همان: 37-36؛ Kelly, Ibid: 656)؛ حکومت وی را در ربیع‌الثانی 1283/ آگوست 1866 به رسمیت شناخت (Wilson, 1923: 37) و نمایندگی بریتانیا در مسقط بار دیگر بازگشایی شد (سدیدالسلطنه، همان: 296). اما پس از مدتی، سید سالم از کلنل پلی خواست اتباع بریتانیا را از فروش و استعمال تنباکو و سایر منهیات دینی اباضیه بازدارد. همین خواسته موجب شد تا مقامات بریتانیا به فکر جایگزینی مهره‌ای کاملاً متمایل به انگلستان در مسقط بیفتند (Kelly, Ibid: 638).

     موفقیت این قدرت جهانی در واداشتن شیوخ سواحل جنوبی خلیج فارس به پذیرفتن میانجی‌گری بریتانیا در همه منازعات زمینی و دریایی خود به سال 1285ق./1868م. عامل دیگری بود که آنان را در پیگیری اهداف خود در مسقط مصمم‌تر کرد (استندیش، 1383: 240-239). فرار سید سالم به ایران در جریان واپسین حملات مخالفان به مسقط و درخواست کمک از ایرانیان (رنس، همان: 39؛ سدیدالسلطنه، همان: 157) دیگر مؤلفه‌ای است که حمایت نکردن انگلیسی‌ها از او در واپسین ماه‌های حکومتش را نشان می‌دهد (Kelly, Ibid: 664-665).

     روابط سالم با ایران بر سر امتیاز اجاره‌داری عوارض و گمرکات بندر عباسی و برخی مناطق جنوبی کشور بود که از زمان سید سعید، پدربزرگ سالم، به مسقط واگذار شده بود. در این زمان، سلطان مراد میرزا حسام‌السلطنه، حاکم وقت فارس، با جلب رضایت ناصرالدین‌شاه (حبیبی و وثوقی، 1387: 106 و266 «سند شماره 145») و با استفاده از فرصت درگیری سالم با مدعیان سلطنت و تأیید نشدن حکومت او از جانب انگلستان درخواست کرد تا امتیازات داده‌شده به عمان را بازپس گیرد (همان: 106؛ بنی‌عباسیان بستکی، 1339: 251). با آنکه شیخ سعید، نماینده سالم در بندر عباسی، به شیراز اعزام شد (حبیبی و وثوقی، همان: 106 و270 «سند شماره 150») تا با پیشنهاد افزایش اجاره‌بهای پرداختی به ایران، تمایل مسقط را به حفظ گمرکات مناطق مزبور نشان دهد (همان: 106 «سند شماره 148»؛ دفتر اسناد مکمل شماره 138 «سند شماره 253»)، اما حسام‌السلطنه با سپردن حکومت بندر لنگه و مضافات آن به حاج احمدخان سدیدالسلطنه و دور کردن این وزیر و مشاور کارآمد ایرانی از سید سالم، نخستین گام را در راه قطع ید سلطان مسقط از بندر عباسی برداشت (همان: 106 و271-270 «سند شماره 151»). سپس در دیدار با کلنل پلی اعلام کرد که به‌‌رغم تعلق سالم به خانواده سید سعید، وی به‌سبب قتل پدرش و غصب قدرت، ازلحاظ قانونی نمی‌تواند گمرکات این نواحی را در اختیار داشته باشد (Kelly, Ibid: 659).

     سرانجام گزارش‌های واصله به فارس دربارة ظلم مالیاتی نمایندة سالم در بندر عباسی به مردم از ابتدای 1867م./ شوال 1284ق. (حسینی فسائی، 1382: 830) سبب تصرف بدون درگیری شهر به‌وسیلة نیروهای ایران شد (بنی‌عباسیان بستکی، همان: 253-252) و اقدام سالم در تغییر نماینده خود در بندر عباسی جهت آرام‌سازی اوضاع نیز بی‌نتیجه بود (سدیدالسلطنه، همان: 151). اما فقدان امکانات دریایی لازم جهت حفظ بندر و ترس حسام‌السلطنه از تغییر رأی ناصرالدین‌شاه در صورت اعمال فشار انگلیس (حبیبی و وثوقی، همان: 107) سبب شد تا وی هدف خود از این حمله را فقط جلوگیری از ادامه تعدیات به رعایای منطقه و انتصاب حاکم مورد تأیید ایران از جانب سید سالم بر بندر عباسی عنوان کند (حسینی فسائی، همان: 831-830؛ بنی‌عباسیان بستکی، همان: 251). با آنکه شاه، حسام‌السلطنه را از لنگراندازی قریب‌الوقوع دو کشتی جنگی خریداری‌شده به‌وسیله ایران در آب‌های سواحل جنوبی خلیج فارس آگاه کرد و او را در اجاره کردن کشتی و جهازات برای اداره امور نظامی بندر آزاد گذاشت (حبیبی و وثوقی، همان: 107 و 285-283 «سند شماره 174»)، اما سید سالم و نماینده بریتانیا با اعزام مذاکره‌کنندة مورد تأیید دو طرف یعنی حاج احمدخان سدیدالسلطنه به شیراز (حسینی فسائی، همان: 833) بهانه‌های حسام‌السلطنه را برای ادامه حضور نظامی در بندر از بین بردند و وی را به انعقاد قرار جدید اجاره‌داری گمرکات بندر عباسی و توابع آن ترغیب کردند (سدیدالسلطنه، همان: 151). قرارداد مزبور در 15 ربیع‌الثانی 1285/ 4 اوت 1868 به مدت 8 سال و با اجاره سالانه 30 هزار تومان تمدید شد (Kelly, Ibid: 660-663؛ سدیدالسلطنه، همان: 152) که به‌جز مبلغ و مدت قرارداد، تفاوت دیگری با قرارداد 13 سال پیش بندر عباسی نداشت (همان: 157-153). چنین آورده‌اند که به‌دلیل تردید حسام‌السلطنه در اجرای قرارداد، حاج احمدخان دوباره به شیراز فرستاده شد تا با افزایش 2000 تومانی مالیات سالانه، توافقات را عملی کند، اما وقوع شورش‌های داخلی و سقوط سالم این امتیاز را برای همیشه از دست حکومت مسقط خارج کرد (همان: 151).

     با ورود عزان‌بن قیس و سایر مخالفان به پایتخت عمان، سالم به قلعه میرانی- قلعه غربی مسقط- پناه برد و با صدور دستور فرماندار بمبئی مبنی‌بر ممنوعیت استفاده از نیروهای انگلیسی به نفع سالم، او با کمک حاج احمدخان به بندر عباسی رفت (همان: 157). سپس در مه 1870/ صفر 1287ق. رهسپار دبی شد و مدتی را نیز در قشم گذراند تا آنکه در ابتدای دوره حکومتی سید ترکی‌بن ‌سعید، به‌وسیلة انگلستان به حیدرآباد هند برده شد تا از ادامه فعالیت‌های آشوبگرانه وی جهت بازگشت به سلطنت جلوگیری شود (موسوعه عمان...، همان: 38؛ فرامرزی، همان: 199؛ Kelly, Ibid: 664). وی سرانجام بر اثر بیماری آبله در هند درگذشت. برخی تاریخ درگذشت وی را 1289ق./1872م. (سدیدالسلطنه، همان: 158) و بعضی دیگر در 1293ق./1876م. ذکر کرده‌اند (موسوعه عمان، همان: 43؛ Kelly, Ibid: 783؛ Phillips, 1967: 140).